HPV helgenomsekvensering
Infeksjon med høyrisiko HPV-typer kan indikere en økt risiko for utvikling av livmorhalskreft, selv om kun et mindretall av disse infeksjonene utvikler seg videre. Det er derfor essensielt å forske videre på hvilke spesifikke infeksjoner som har potensiale til å utvikle seg til kreft.
Selv om HPV-virusets livssyklus ikke inkluderer integrasjon i det menneskelige genomet, observeres integrert HPV-genom i over 80% av livmorhalskrefttilfeller. I tillegg har studier vist at sekvensvariasjoner i HPV-genomet kan være prediktive for kreftrisiko. HPV-helgenomvariasjoner er derfor ansett som en mulig biomarkør for tidlig identifikasjon av høy-risiko tilfeller.
TaME-seq (Tagmentation-assisted multiplex PCR enrichment sequencing) er en den eneste sekvenseringsmetoden designet for samtidig deteksjon av integrasjon og HPV-helgenomvariasjon. Metoden omfatter amplifisering av HPV-genomet, DNA-sekvensering og bioinformatisk analyse.
Det som skiller TaME-seq fra andre metoder er at én PCR-reaksjon amplifiserer både HPV-genomet og integrasjonsseter. TaME-seq er foreløpig utviklet for 9 av de 14 høyrisiko-HPV-typene (HPV 16, 18, 31, 33, 45, 51, 52, 58 og 59). For hver av disse typene benyttes et eget primersett. Metoden ble sist oppdatert/oppgradert i 2021 og er foreløpig kun beregnet for bruk i forskning. Metoden forutsetter at HPV-typen i det kliniske materialet er kjent på forhånd.
Kontakt
Ved spørsmål om prosjektet, kontakt referanselaboratoriet for HPV.
Nasjonalt referanselaboratorium for humant papillomavirus (HPV)
Om forskningsprosjektet
Les mer: Sequencing HPV for biomarker discovery - Bioinformatics in Life Science (uio.no)